Указом Президента Российской Федерации В.В. Путина от 21 июня 2020 года № 407 за большой вклад в борьбу с коронавирусной инфекцией (COVID-19), самоотверженность и профессионализм, проявленные при исполнении профессионального долга, С.Ф. Багненко награжден орденом Пирогова.